Goleiro campeão brasileiro pelo Fluminense em 2010, Rafael foi anunciado como reforço do Sampaio Corrêa-RJ para a disputa da Série A2 do Campeonato Carioca. Aos 37 anos de idade, o atleta teve passagens nos anos anteriores por diversos clubes do estado, como Macaé, America, Boavista, Cabofriense e Bangu. Em 2021, defendeu o Itumbiara no Campeonato Goiano.
Rafael defendeu o Fluminense entre 2009 e 2010. Ele chegou ao clube depois de defender o Vasco. Fez 67 jogos pelo Tricolor.
O goleiro começou o ano de 2009 como titular, mas terminou na reserva. Na campanha do título brasileiro de 2010, tanto ele, quanto Fernando Henrique e, por fim, Ricardo Berna atuaram.