Contrato em janeiro de 2016, Henrique demorou a ganhar a confiança do torcedor do Fluminense. Sentiu o ritmo de jogo, mas ganhou de vez a vaga. Neste domingo, contra o Bahia, alcançou a marca de 100 jogos com a camisa grená, verde e branca.
Com o capitão no gramado, o Tricolor obteve 43 vitórias. Empatou 27 e perdeu 33. O aproveitamento é de 52%. Henrique marcou três gols pelo Flu.