Técnico escolhido pelo Fluminense para substituir Enderson Moreira, Eduardo Baptista causou controvérsia em Pernambuco ao abandonar o Sport em meio ao Campeonato Brasileiro. O treinador justificou a escolha afirmando ser grato ao clube rubro-negro, mas também ter sentido que o momento lhe pedia uma mudança de ares.
– Eu devo a minha carreira ao Sport. Tenho 20 anos como profissional e desses 20 são seis vividos dentro do Sport. Em 2007, como preparador físico, vim de um rebaixamento frente ao Corinthians. Depois, eles me deram as mãos e, ainda como preparador físico, fomos campeões da Copa do Brasil contra o mesmo Corinthians. Em 2011, vim de um momento complicado no Japão, com o tsunami. Voltei para o Brasil e o Sport mais uma vez estendeu a mão. Foi uma outra oportunidade como preparador físico. Em 2014, assumi interinamente. O Sport vinha de um começo de ano muito ruim. Confiou em mim e conseguimos, junto a todos, dois títulos importantes. No ano passado, fizemos um Brasileiro excepcional. Mantivemos na Série A e de maneira honrosa depois de muita desconfiança no início. Começamos o ano com um pensamento mais ousado. Fizemos um bom primeiro turno. Era um trabalho que estava me deixando muito contente. Tive outras propostas de grandes clubes, mas senti que era melhor seguir. Só que o meu ciclo encerrou. Eu ia trabalhar e não sentia mais aquela alegria. Não seria leal eu ir trabalhar assim. Seria bom respirar novos ares. Nesse período, apareceu a proposta do Fluminense e resolvi aceitar. Não tive nem o tempo de conversar com o presidente (do Sport). Quando fui falar, eles já tinham divulgado uma carta com as declarações deles. Achei melhor não ligar mais. Sou muito grato ao Sport. Dei minha contribuição, sou grato. Mas minha vida tinha de seguir. Estou feliz e satisfeito. É o meu novo prato de comida. É a oportunidade da vida. Como dei a vida no Sport, darei no Fluminense – afirmou.