Já veterano, Roger deixou a lateral esquerda no Fluminense e encerrou a carreira como zagueiro. Isso tudo aconteceu, segundo revela Josué Teixeira, técnico tricolor em 2006, por causa de Marcelo. Com o jovem jogador em ascensão, ele virou titular e o experiente acabou deslocado. Um ano depois, seria o herói do título da Copa do Brasil.
Na conquista do Fluminense, Roger foi titular no jogo de volta da final frente ao Figueirense em virtude da lesão de Luiz Alberto e fez o gol da vitória tricolor por 1 a 0 no Orlando Scarpelli.
– O interessante é que passei o Roger Machado (autor do gol do título da Copa do Brasil de 2007) de lateral para zagueiro por causa do Marcelo. Aí, no Fluminense, a zaga era Thiago Silva e Roger, com o Marcelo na lateral. Isso prolongou um pouco a carreira do Roger como profissional mudando de posição – disse.
Pelo Fluminense, Roger jogou entre 2006 e 2008. Disputou 123 partidas e fez dez gols.