Antes de chegar às divisões de base do Fluminense, Marcos Júnior deu seus primeiros passos no futebol em Brasília. Foi na escolinha Estrelinha do Sul, que pertencia ao tio. O atacante relembrou daquele tempo:
– Me chamaram para não ficar em casa. Entrei na escolinha. Gostei de jogar bola e sai de lá com 12 anos para o Fluminense, onde estou desde então. Era terrão. Ainda ficou um ano e meio depois de eu sair, mas meu tio desanimou pois estava difícil financeiramente. Era o sonho dele que eu virasse jogador. Fechou a escolinha e focou em mim. Veio até o Rio, mas aí passei no teste do mirim e passei a morar no clube – contou.