Técnico com passagem pelo Fluminense entre 2015 e 2016, Eduardo Baptista foi demitido do CSA após derrota no clássico alagoano com o CRB, no último fim de semana, e ficou pouquíssimo tempo desempregado. O treinador acertou e já se apresentou ao Mirassol-SP. Ele comandará a equipe paulista na Série D do Campeonato Brasileiro.
No Fluminense, Eduardo Baptista esteve à frente da equipe em 26 jogos, com oito vitórias, cinco empates e 13 derrotas. Chegou à semifinal da Copa do Brasil em 2015, perdendo para o Palmeiras (que posteriormente seria o campeão) nos pênaltis.