Em 66 jogos na temporada, foram 38 lesões no Fluminense, um número considerado baixo se for levar em consideração a quantidade de atletas e as maratonas em sequência. No entanto, algumas lesões em particular acabaram sendo as mais sentidas e prejudicaram muito o Tricolor na reta final do ano, como as de Pedro e Gilberto.
Numa fase espetacular, Pedro era o artilheiro do Campeonato Brasileiro quando lesionou o joelho em agosto e foi obrigado a passar por uma cirurgia no local. O atleta passou o restante da temporada se recuperando e tem previsão de retorno aos gramados a partir de março de 2019.
Já Gilberto, com um edema ósseo no joelho esquerdo, também desfalcou o Fluminense durante todo o fim de temporada. Sendo assim, o Tricolor perdeu, quase que de uma só vez, suas duas melhores armas ofensivas, deixando apenas nas costas de Ayrton Lucas e Everaldo as jogadas ofensivas e de velocidade pelas pontas.