Já veterano, Roger deixou a lateral esquerda no Fluminense e encerrou a carreira como zagueiro. Isso tudo aconteceu, segundo revela Josué Teixeira, técnico tricolor em 2006, por causa de Marcelo. Com o jovem jogador em ascensão, ele virou titular e o experiente acabou deslocado. Um ano depois, seria o herói do título da Copa do Brasil.
Na conquista do Fluminense, Roger foi titular no jogo de volta da final frente ao Figueirense em virtude da lesão de Luiz Alberto e fez o gol da vitória tricolor por 1 a 0 no Orlando Scarpelli.