O volante é cria das divisões de base do Rubro-Negro e teve passagens pela seleção brasileira sub-18. João Vitor chegou a jogar na equipe profissional do Flamengo em 2011, sob o comando de Vanderlei Luxemburgo. No mesmo ano, participou do Campeonato Carioca e, em seguida, foi emprestado ao Londrina.
João se transferiu para o Braga em 2012, quando assinou contrato de dois anos com. O Fla aliás, ainda detém 10% dos direitos econômicos do atleta.