Desde sua chegada ao Fluminense, em março de 2009, o ídolo Fred tem sido fundamental para o Fluminense. Prova disso é que nesses últimos 14 anos, o Tricolor só foi campeão tendo o camisa 9 por perto, seja como atleta e goleador que sempre foi, seja como dirigente.
Pelo Time de Guerreiros, Fred conquistou o Brasileirão de 2010, o Campeonato Carioca de 2012, o Brasileirão de 2012 e a Primeira Liga de 2016. Naquele mesmo ano, o camisa 9 deu um até breve ao Flu e teve passagens por Atlético-MG e Cruzeiro, antes de retornar em maio de 2020.
Ainda como jogador, Fred conquistou o Campeonato Carioca de 2022, seu primeiro título com o clube no Maracanã (os outros haviam sido no Engenhão). Já como dirigente, participando da montagem do elenco, sagrou-se campeão do Carioca de 2023 e da Libertadores 2023.
No intervalo do segundo semestre de 2016 até o primeiro semestre de 2020, o Fluminense não conquistou títulos. Chegou a ser vice do Carioca em 2017, perdendo para o Flamengo, e semifinalista da Copa Sul-Americana de 2018, sendo eliminado pelo Athletico-PR.