Quando jogador, Ailton defendeu vários clubes. Além do Fluminense, passou também por Flamengo, Grêmio e Botafogo, entre outros. Muito identificado com o Tricolor, onde ocupa os cargos de auxiliar-técnico do profissional e coordenador do sub-20, ele afirma ter grande gratidão ao presidente Mário Bittencourt pela oportunidade.
Na época de volante, atuou pelo Fluminense entre 1995 e 1996. Foi campeão carioca em 1995 e autor da jogada que terminou no gol de barriga de Renato Gaúcho. Detalhe: na súmula do árbitro Léo Feldman, o gol é creditado a ele.
– Hoje estou aqui e sou grato. Meu sogro era tricolor doente e, quando eu jogava no Flamengo, ele já falava que queria me ver no Fluminense, que eu iria virar ídolo. O meu filho mais velho sempre foi tricolor. Quando fui jogar no Fluminense, meu sogro morreu e não viu a profecia se realizar. Tenho muito respeito pelo Fluminense, um clube que tem todo o meu amor. Sou muito grato ao Mário por essa chance – disse.
Ailton fez 63 jogos e oito gols pelo Fluminense.