Revelações feitas pela imprensa britânica apontaram em 2011 que Havelange, nos anos 1990, recebeu milhões de dólares de propina da ISL em troca de contratos de transmissão da Copa do Mundo. Seu ex-genro, Ricardo Teixeira, ex-presidente da CBF, também ficou com parte do dinheiro. Um acordo foi fechado na Suíça em que a dupla não admitiu culpa, mas pagou uma multa e o caso foi encerrado.
A revelação desses dados, guardados por anos, fez o COI abrir investigações e Havelange renunciou ao cargo “por motivos de saúde”. Fora do COI, o brasileiro, mais uma vez, se livrou de ser punido e o processo foi arquivado.
Mas em dezembro de 2015, João Havelange passou a ser investigado pelo FBI, a polícia federal dos Estados Unidos. Os norte-americanos solicitaram acesso a todo processo de propinas da ISL. Aos 100 anos, o ex-dirigente é alvo de apuração.
No Fluminense, foi escoteiro e atleta, infantil, juvenil e adulto, destacando-se em vários esportes. Sagrou-se campeão carioca juvenil de futebol em 1931. A partir de 1932, passou a competir como nadador e jogador de pólo aquático, destacando-se nas duas modalidades e conquistando diversos títulos tanto pelo Flu como representando o Brasil.
No seu aniversário de 99 anos, o clube prestou homenagem a Havelange em seu site oficial e o qualificou com o “um dos nomes mais influentes do esporte por sua extrema competência como dirigente”. Neste ano, até o momento, nenhuma homenagem do clube foi feita pelo seu centenário.