Novo contratado do Fluminense, Jonathan assinou até dezembro do ano que vem, portanto, terá tempo para mostrar seu futebol. Em 2009, foi eleito o melhor lateral-direito do Campeonato Brasileiro, atuando pelo Cruzeiro, cujo técnico era Adílson Baptista, que o elogiou:
– O conheço desde as categorias de base do clube. Trabalhou comigo em 2008, 2009 e 2010. Acompanhei alguns jogos dele na Inter de Milão também. Tem uma qualidade boa de marcação, faz bem a linha de quatro, mas com poder ofensivo. Tem boa qualidade técnica, cruzamento…um jogador interessante – analisou Adílson.