Titular do Fluminense no início dos anos 2000, Régis voltou ao clube. O ex-zagueiro visitou a sede e reencontrou com Marcão, com quem atuou. Pelo Tricolor, o gaúcho Régis atuou em 132 partidas, todas como titular, e marcou 11 gols.
Ele formou dupla com César e, posteriormente, André Luís em meados de 2001. Com o clube, Chegou às semifinais do Brasileiro em 2001 e 2002. Deixou o Fluminense em julho de 2002, contratado pelo São Paulo.