Considerado pelo técnico Abel Braga, assim que foi lançado na equipe, em 2012, como o melhor segundo volante do Brasil, Fernando Bob, aos poucos foi perdendo o espaço adquirido no Time de Guerreiros. Sofrendo muitas críticas do torcedor, o atleta foi emprestado para a Ponte Preta, onde conseguiu se sobressair, ajudando os paulistas a retornarem para a Série A.
Tendo vínculo com o Fluminense até o final de 2015, o jogador deve continuar na Macaca, sendo adquirido por um grupo de investidores, que o repassará ao clube de campinas. O salário e novo tempo de contrato do atleta já foram acertados.