Wellington Silva está de volta ao Fluminense, onde foi revelado e viveu a melhor fase de sua carreira (entre 2016 e 2017. No Tricolor, reencontrará o técnico Odair Hellmann, que o treinou no Internacional e o tinha como uma espécie de 12º jogador.
Por mais que tenha sido pouco aproveitado como titular pelo treinador no Rio Grande do Sul, era opção recorrente ao longo das partidas. Em 2018, foi a campo 17 vezes, sendo três como titular. Fez um gol e deu uma assistência.
Já em 2019, teve ainda mais oportunidades com Odair. Jogou 29 partidas (nove de titular), marcou dois gols e deu três assistências. Wellington Silva acabou não se firmando no Colorado por conta das inúmeras lesões sofridas.
A confiança do técnico nele, no entanto, é grande, tanto que indicou o retorno ao Fluminense.